Семена подсолнечника после уборки имеют повышенную и неравномерную (различные сроки созревания семян) влажность. С учетом быстрых сроков самосогревания применяется двойная предварительная очистка. Первая степень производится на ворохоочистителях и сепараторах и позволяет удалить крупные и легкие примеси, вторая – на воздушно-ситовых сепараторах, триерах и буратах, и позволяет удалить мелкий сор. После очистки процент примесей не превышает одного.

Семенной материал хранится в тканевых мешках, в обеззараженных сухих помещениях. Мешки укладываются по 6 рядов в высоту. От стен и между штабелями должно быть расстояние не менее 70 см, ширина центральных проходов – не менее 1,25 метра.

Семена для промышленных целей хранят насыпью (в складах или силосах элеваторов) в охлажденном виде. Должна поддерживаться температура ниже 10°С, что достигается активным вентилированием или использованием холодильных машин. В процессе хранения обязательно применяют обеззараживание.